ตั้งอยู่ที่ตำบลจองคำ อำเภอเมือง จังหวัดแม่ฮ่องสอน เป็นท่าอากาศยานในสังกัดกรมท่าอากาศยาน กระทรวงคมนาคม และได้ประกาศเป็นท่าอากาศยานศุลกากรเมื่อวันที่ 29 ธันวาคม พ.ศ. 2542 ปัจจุบัน ท่าอากาศยานแม่ฮ่องสอนมีเที่ยวบินภายในประเทศให้บริการโดยสายการบินนกแอร์ และบางกอกแอร์เวย์ส โดยมีเที่ยวบินไปและกลับ จากท่าอากาศยานนานาชาติเชียงใหม่ และท่าอากาศยานนานาชาติดอนเมือง ตามลำดับ
ท่าอากาศยานแม่ฮ่องสอนมีอาคารผู้โดยสารหลัก 2 อาคาร ได้แก่ อาคารผู้โดยสารขาออก และอาคารผู้โดยสารขาเข้า ภายในอาคารผู้โดยสารมีสิ่งอำนวยความสะดวกสำหรับผู้โดยสาร เช่น ร้านสะดวกซื้อ ร้านกาแฟ ร้านอาหาร ร้านขายของที่ระลึก เครื่องเอทีเอ็ม และที่จอดรถ
ท่าอากาศยานแม่ฮ่องสอนเป็นท่าอากาศยานสำคัญของจังหวัดแม่ฮ่องสอน ซึ่งเป็นจังหวัดที่มีแหล่งท่องเที่ยวที่น่าสนใจมากมาย เช่น ทุ่งดอกบัวตองที่ดอยแม่อูคอ วัดพระธาตุโดดคำ วัดพระธาตุจองคำ วัดพระธาตุปางอุ๋ง และปางอุ๋ง เป็นต้น
ประกาศแจ้งผู้โดยสารเที่ยวบินระหว่าง กรุงเทพ – แม่ฮ่องสอน (ขาไปและกลับ) เพื่อให้เป็นไปตามข้อกำหนดการรักษาความปลอดภัยของท่าอากาศยานลำปางสำหรับเที่ยวบินบินผ่าน (transit flight) ผู้โดยสารจำเป็นต้องนำสัมภาระลงจากเครื่องเพื่อผ่านขั้นตอนตรวจค้นที่สนามบินลำปาง โดยเมื่อผ่านขั้นตอนข้างต้นจะผ่านเข้าไปที่ห้องผู้โดยสารขาออกเพื่อรอขึ้นเครื่องสู่ปลายทางต่อไป
